Seguindo as pegadas das sensações de atirador de fliperama e console, BlackSite: Area 51 é uma experiência de tiro em primeira pessoa cheia de ação que coloca os jogadores contra forças inimigas alienígenas usando o famoso marco do governo dos EUA, a Área 51, e as áreas circundantes como pano de fundo do campo de batalha . Situado nos dias atuais, os jogadores assumem o papel de um veterano militar condecorado encarregado pelo governo de liderar um esquadrão de "soldados secretos", cada um com seu próprio conjunto de habilidades especiais, para a área de Rachel, Nevada, para lutar contra a invasão de raças inimigas não identificadas. As emoções e medos modernos do jogador são levados a um mundo carregado de graves responsabilidades, afetando vidas em risco e, eventualmente, se encontrando dividido entre suas ordens profissionais e seus próprios padrões éticos. No fim.